Den Grundstein zum Kloster Rathausen legte der Luzerner Peter Schnyder. 1245 schenkte er einer Beginengemeinschaft (Waldschwestern) aus Horw ein Grundstück, das vom Rotsee bis zur Reuss und vom Sedel bis nach Buchrain reichte. Diese Gemeinschaft unterstellte sich den Regeln der Zisterzienserinnen. 1251 gestattete Bischof Eberhard von Konstanz den Schwestern unter anderem, hier eine Klosterkapelle zu errichten. Er nannte den Ort "Domus Consilii", Haus vom (guten) Rat, oder eben Rathausen. Die 1259 geweihte Klosterkirche wurde von 1588 bis 1592 umgebaut. Unter Äbtissin Anna Maria Cäcilia Pfyffer von Wyer entstand 1685 das Amtmann- und Kaplanhaus (das heutige Amtshaus; renoviert 1993/94 und 2007).
Der grosse, rund 225 Hektaren umfassende Grundbesitz der Schwestern erregte in späteren Jahren den Neid der Obrigkeit und die Luzerner Regierung veranlasste, dem Konvent bis zur Klosteraufhebung im Jahre 1848 Gut für Gut wegzunehmen. Beeinflusst von der Französischen Revolution erliessen die helvetischen Behörden kirchenfeindliche Erlasse. 1798 beschloss der Luzerner Grosse Rat ein Verbot zur Neuaufnahme von Novizen, das bis 1814 Gültigkeit hatte. 1805 versuchte er, das Kloster zu schliessen und eine Waisen-, Armen- und Erziehungsanstalt einzurichten. Dies erlaubte indes der Papst nicht. Das Vorhaben gelang schliesslich am 13. April 1848, als das Parlament beschloss, die Klöster St. Urban und Rathausen aufzuheben und deren Besitz zu liquidieren. Der Erlös diente zur Bezahlung der Schulden aus dem Sonderbundskrieg. Nach einer Volksabstimmung mussten die Schwestern am 12. September 1848 Rathausen verlassen.
Während knapp 20 Jahren diente das Klostergebäude in der Folge als kantonales Lehrerseminar. Während des Deutsch-Französischen Krieges von 1870/71 wurden Soldaten der Bourbaki-Armee untergebracht. Bemühungen, das Kloster wieder zum Leben zu erwecken, scheiterten. 1882 beschloss der Grosse Rat, in Rathausen eine "Verpflegungs- und Erziehungsanstalt für arme Kinder" einzurichten, 1951 entschied der grosse Rat die "Anstalt Rathausen" in eine Stiftung "Erziehungsheim Rathausen" umzuwandeln. Damit war auch eine innere Umstrukturierung verbunden. Es wurde mehr Wert auf individuelle Förderung der Kinder gelegt. Da immer mehr lern- und verhaltensauffällige Kinder im "Kinderdörfli" Aufnahme fanden, wurde auch die notwendige heilpädagogische Förderung ausgebaut. Infolge einer Neukonzeption des Sonderschulwesens im Kanton Luzern wurde das Erziehungsheim 1989 aufgelöst und einer Institution für Menschen mit geistiger Behinderung übergeben – der Stiftung für Schwerbehinderte Luzern SSBL.
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