1366 unternahm Bauer Hartmann Krämer aus Blatten eine Wallfahrt zur Grabstätte des heiligen Jost in Nordfrankreich. Auf dem Weg dahin wurde er von Strassenräubern überfallen. In seiner Not gelobte er, bei heiler Rückkehr auf seinem Hofe eine Kapelle zu Ehren des hl. Jost zu bauen. Als er genügend zusätzliches Geld gesammelt hatte, begann der Bau 1374. Am 5. Mai 1391 wurde die Kapelle eingeweiht.
Die Jost-Kapelle entwickelte sich rasch zu einem schweizweit beliebten Wallfahrtsort und musste 100 Jahre später auf doppelte Grösse erweitert werden. Da der Wallfahrtsbetrieb Familie Krämer und die Ortsgeistlichen zu überfordern begann, stiftete der Rat von Luzern 1495 eine Kaplanei. In der Folge gedieh die Kirche unter den Kirchenpflegern Amrhyn ab 1630 in vier Etappen zum heutigen Ensemble, das als Barockjuwel bezeichnet werden darf und unter eidgenössischem Denkmalschutz steht.
Die 1959/60 erstmals renovierte Kirche Blatten und die übrigen Pflegschaftsbauten wurden 1973 an die Kirchgemeinde Malters abgetreten. Da zunehmend wieder Schäden sichtbar wurden, erfolgte 2010/11 die 2. Totalrenovation mit 4.65 Mio. Franken Kostenaufwand. Die Einweihung nahm Bischof Felix am 11.11.2011 vor. Ein eigens eingesetzter Stiftungsrat sorgt für die Belebung des religiösen und spirituellen Lebens der Kirche und beschafft Mittel für den Betrieb und Unterhalt des schmucken Gotteshauses. Nachfolgend Bilder zum Bauzustand um 1600, 1910 und heute:
Die Kirche St. Jost ist ein über Jahrhunderte sukzessiv gewachsenes Ensemble. Den Hauptteil bildet das Kirchenschiff, das durch einen überhöhten, breiteren Chorraum mit sechs Rundbogenfenstern abgeschlossen wird. Zwischen Chor und Schiff sind südseits der Turm mit der welschen Haube und die doppelstöckige Sakristei angebaut. Dem hintern Teil des Kirchenschiffs angefügt sind zwei Seitenkapellen und das arkadenförmige Vorzeigen. Als nordwestlicher Annexbau rundet das Beichthaus das Ensemble ab.
Dass die Kirche heute den Eindruck einer grandiosen architektonischen Schöpfung erweckt, ist vor allem dem intuitiven Gespür der etappenweise engagierten, einfachen Bauleute zu verdanken, die unterschiedlich geformte Anbauten zu einem anmutigen Ganzen zusammenfügten. Als Einheit wirkt die Kirche zudem wegen des erst 1751 alle Fassaden einkleidenden Sgraffito-Putzes, der aus schmückenden und gliedernden Ornamenten besteht.