Die Kirche St. Jost enthält eine Vielfalt an sakraler Kunst, die noch Elemente der Gotik und der Renaissance aufweist, hauptsächlich aber durch den Stil des Früh-, Hoch- und Spätbarocks sowie der Rokoko-Epoche geprägt ist. Als Hauptsehenswürdigkeiten gelten der Hochalter, die beiden Seitenkapellen und der grosse Bilderzyklus über das Leben des hl. Jost. Von kunsthistorischem Interesse sind ferner die sechs unter dem Wandputz gefundenen Fresken des früheren Bilderzyklus, der um 1600 entstanden sein muss.
Für den neuen Hochaltar wurde 1684 eigens der Chorraum doppelt so gross und breiter als das Schiff mit grossen Rundbogenfenstern gebaut, um das vergoldete Kunstwerk den Besuchern im besten Licht präsentieren zu können.
Der 1986 vollendete Hochaltar gilt als das Hauptwerk des bayrischen Holzbildhauers Michael Hartmann, der in Luzern die Werkstatt von Hans Ulrich Räber weiterführte. Es handelt sich um einen dreiteiligen, streng gegliederten Säulenaltar, der als Figurenretabel ausgebildet ist. Der Figurenschmuck wird durch farbig gefasste Zierelemente ergänzt. Das Meisterwerk wird durch die im Zentrum gezeigte Pieta-Darstellung, umgeben von Engeln mit Leidenswerkzeugen, dominiert. Oben steht in einer weiteren Nische Maria Magdalena, flankiert von Karl Borromäus und Franz von Assisi.
Die Pieta gilt als eines der hervorragendsten Werke barocker Plastik. Der Leichnam Christi wird in selten realitätsnaher Art dargestellt, und der Leidensausdruck Mariens gilt als höchst beeindruckend. Nachträglich wurde 1758 der üppige Rokoko-Tabernakel ins Altarensemble eingefügt, der mit dem bekrönenden «Pelikan mit Brut» das Thema der Passion ebenfalls aufnimmt.
Abgegrenzt durch markante Rundbodenöffnungen und schmucke schmiedeeiserne Gitter sind im hintern Teil des Kirchenschiffes die Seitenkapellen angegliedert. Ihre Gewölbe weisen Freskenmalereien von Francesco Giorgioli auf und werden seitlich durch in Stichkappen befindliche Ochsenaugen beleuchtet. Anders als im Kirchenschiff zeigen die Gewölbe noch die älteren barocken Stuckaturen. Beide Nebenkapellen weisen einen Altar mit formschönen Antipendien und dahinter anstelle eines Altaraufbaues szenische Gruppen mit fast lebensgrossen, bemalten Vollplastiken auf, die den oberitalienischen Monte-Sacro-Anlagen nachempfunden sind. Die Plastiken schnitzte der bekannte Luzerner Bildhauer Hans Ulrich Räber.
Die nach Norden gerichtete Grablegungskapelle (1644-1646) beherbergt eine auf das apokryphe Nikodemus-Evangelium zurückgehende, 10-köpfige Begräbnisgruppe, deren Figuren mehrheitlich einen gotisierenden Ausdruck haben. Die dort mehr Feuchtigkeit ausgesetzten Plastiken weisen meist nicht mehr die ursprüngliche glänzend-goldige Fassung auf. Gegenüber in der Vermählungskapelle (1647-1648) wird die feierliche Verehelichung von Maria und Josef nach dem apokryphen Jakobus-Evangelium gezeigt. Die besser erhaltenen, in frühbarockem Stil geschnitzten Figuren wirken heller und festlicher.
Für eine Wallfahrtskapelle typisch, wird in der Kirche St. Jost das Leben und Wirken des Patrons gezeigt. Die Bilder wurden 1639/40 geschaffen, stilistisch Hans Jakob Wysshaupt oder dessen Werkstatt zugeschrieben. Es handelt sich um den grössten Zyklus in den über 200 in Europa bestehenden Jost-Heiligtümern. Von den ursprünglich 30 Tafelgemälden sind noch 27 erhalten, wobei die übrigen drei seit dem Orgeleinbau in die Empore fehlen. Die formal gleichartig aufgebauten Bilder weisen am untern Rand einen erklärenden Vierzeiler, eine für die Reihenfolge relevante Nummer sowie das Stifterwappen mit Namensinschrift auf.
1959 wurden unter den Tafeln des aktuellen Bilderzyklus sechs Szenen eines früheren Bilderzyklus gefunden, die direkt in Tempera auf die Wände gemalt sind. Die nicht ganz vollständig erhaltenen
Bilder weisen ebenfalls einen erklärenden Text und den Stifternamen auf. Aufgrund ihres Stils und der Ornamentik entstanden sie um 1600.
Bei der Renovation 2010/11 wurden zudem in der Saktistei Reste der ursprünglichen Bemalung der Wände entdeckt, die in Ornamenten und Antlitzen bestehen.
Bei der Renovation 2010/11 wurde der Chorraum mit neuzeitlichen liturgischen Einrichtungen ergänzt. Nach dem Entwurf von Architekt Gabriel Wey wurde ein gegen das Kirchenschiff gerichteter neuer Altar angefertigt, der aus aufgeschichteten Holzplatten und transparenten Zwischenräumen besteht und dadurch sehr leicht wirkt. Auf der Vorderseite steht in goldenen und in Kreuzform angeordneten Buchstaben das Vaterunser. Im Altartisch eingelassen wurde bei der Weihe eine echte Reliquie des heiligen Jost, die uns als schweizerisches Hauptwallfahrtsort von den in St.Josse-sur-Mer aufbewahrten Gebeinen des Schutzpatrons zur Verfügung gestellt wurde. In analoger Machart und ebenfalls mit Gebetsaufschriften versehen, wurden ein Ambo, ein Taufbecken und ein Kerzenständer angefertigt.